Cuộc đàn áp bằng quân sự vào người Rohingya đã thu hút sự chỉ trích từ các cơ quan tổ chức khác nhau. Các nhóm nhân quyền về Ân xá Quốc tế và các tổ chức như Liên Hợp Quốc đã đặt tên cho các cuộc đàn áp quân sự lên người thiểu số Rohingya là tội ác chống lại nhân loại và nói rằng quân đội đã khiến người dân trở thành mục tiêu của "một chiến dịch bạo lực có hệ thống".[1][13][27][28]

Trong tháng 11 năm 2016, một viên chức cao cấp của Liên Hợp Quốc, John McKissick, đã cáo buộc Myanmar đang tiến hành việc thanh lọc sắc tộc ở bang Rakhine nhằm giải phóng nó từ nhóm Hồi giáo thiểu số.[6][29] John McKissick là người đứng đầu một cơ quan tị nạn Liên Hợp Quốc có trụ sở tại thị trấn Bangladesh Cox Bazar. Cuối tháng đó, Bangladesh đã triệu tập đại sứ Myanmar tại đất nước của mình để bày tỏ "mối quan ngại lớn lao" về cuộc đàn áp người Rohingya.[30]

Trong tháng 12 năm 2016, Liên Hợp Quốc mạnh mẽ chỉ trích chính phủ Myanmar về việc đối xử kém cỏi với những người Rohingya, và gọi đó là lối hành xử "nhẫn tâm".[16][31] Liên Hợp Quốc cũng kêu gọi bà Aung San Suu Kyi, Cố vấn Ngoại giao của Myanmar (người thực quyền đứng đầu chính phủ) và là người đoạt giải Nobel, thực hiện các biện pháp chấm dứt bạo lực chống lại người Rohingya.[2][15]Trong báo cáo công bố vào tháng 2 năm 2017, Liên Hợp Quốc tuyên bố rằng cuộc đàn áp người Rohingya đã bao gồm các vi phạm nhân quyền nghiêm trọng. Ủy viên về Nhân quyền Liên Hợp Quốc Zeid Raad Al Hussein tuyên bố "Sự tàn ác mà các trẻ em Rohingya đã phải chịu đựng là không thể chấp nhận được - Loại hận thù nào đã có thể khiến một người đàn ông đâm một em bé đang khóc đòi sữa của mẹ nó?"[17][18] Một phát ngôn viên của chính phủ nói rằng các cáo buộc là rất nghiêm trọng, và sẽ được điều tra.[17]

Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ cũng đã bày tỏ lo ngại về tình trạng bạo lực tại bang Rakhine và sự di dời người Rohingya.[6] Trong một cuộc biểu tình vào đầu tháng Mười Hai, Thủ tướng Malaysia Najib Razak đã chỉ trích chính quyền Myanmar về cuộc đàn áp quân sự lên người Hồi giáo Rohingya, và mô tả cuộc khủng bố đang diễn ra là "cuộc diệt chủng".[32][33] Trước đó, sự đặt tên cho hành vi bạo lực chống lại người Hồi giáo thiểu số Rohingya là "cuộc thanh lọc sắc tộc", Malaysia cho biết "vấn đề là mối quan tâm của quốc tế ".[29] Malaysia cũng hủy bỏ hai trận bóng đá với Myanmar để phản đối cuộc đàn áp.[12][34]

Bà Aung San Suu Kyi đã bị chỉ trích đặc biệt cho sự im lặng và thiếu hành động về vấn đề của mình, cũng như đã không ngăn chặn các vi phạm nhân quyền của quân đội.[1][6][9] Bà phát biểu trong sự phản hồi: "chỉ ra cho tôi một đất nước mà không có các vấn đề về nhân quyền".[2] Cựu lãnh đạo tổ chức Liên Hợp Quốc, Kofi Annan, sau một chuyến thăm kéo dài một tuần ở bang Rakhine, bày tỏ quan ngại sâu sắc về các báo cáo vi phạm nhân quyền trong khu vực.[35] Ông đã dẫn đầu một ủy ban gồm chín thành viên được thành lập vào tháng 8 năm 2016 để xem xét các tình huống trong bang này và đưa ra khuyến nghị để cải thiện tình hình ở đó.[1][35]